曹洋 教授 博导
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课题组网站： http://cao.labshare.cn
研究兴趣：
1)药物分子设计与开发
2)蛋白设计和结构建模
3)序列分析与功能预测
主要成果：
1)小分子药物设计：研究并开发了分子对接 （CB-Dock、 FitDock）、亲和力评估 （CYSCORE）、相似性比较（LigMate）、AI分子生成（FitGen） 、药物重定位（DrugRep）等算法，形成了药物分子的筛选、设计、优化全流程自主计算平台，相关软件在本专业领域获广泛应用；通过干湿实验研究，开发了多个针对肿瘤靶标的苗头化合物、老药新用分子。
2)蛋白药物设计：研究并开发了蛋白结构建模（CIS-RR）、蛋白成药性评估（Abeva）、蛋白二硫键设计（Disulfind）、抗体数据分析（AbRSA、Abalign）、多特异性抗体建模（AbCfold）等一系列建模算法与软件；通过干湿实验研究，成功设计出多个具有靶向结合能力的高稳定性人工蛋白、新型疫苗蛋白载体、人源化抗体等蛋白类药物分子。
研究成果发表在Nature Communications、Nucleic Acids Research等专业权威期刊上，4篇论文入选ESI 高被引，一篇入选 ESI热点论文，论文累计引用超过 3500 次。
招生：
欢迎有志于生物医学研究的同学报考。研究工作干湿结合，接收生物信息学、生物学、计算机科学、生物物理、药学等多种相关专业背景的学生攻读硕士、博士学位。
工作经历：
2011-今， 伟德国际1946bv官网，bv伟德国际体育
教育经历：
2020-2021，哈佛大学，访问学者，X. Shirley Liu Lab
2016-2017，密歇根大学，访问学者，Yang Zhang Lab
2004-2010，中国科学院生物物理所，生物信息，博士
2000-2004，西南交通大学，应用物理，学士
代表论著：
F Zong#, C Long#, W Hu#, S Chen, W Dai, ZX Xiao, Y Cao*. Abalign: a comprehensive multiple sequence alignment platform for B-cell receptor immune repertoires. Nucleic Acids Research. 51(W1),W17–W24, 2023.
Y Liu#, X Yang#, J Gan#, S Chen, ZX Xiao, Y Cao*. CB-Dock2: improved protein–ligand blind docking by integrating cavity detection, docking and homologous template fitting. Nucleic Acids Research. 50(W1), W159–W164, 2022 (ESI高被引论文、热点论文)
X Yang, YLiu, J Gan, ZX Xiao, YCao*. FitDock: protein–ligand docking by template fitting. Briefings in Bioinformatics. 23(3), bbac087, 2022. (ESI高被引论文)
M Niu , J Xu , Y Liu , Y Li , T He , LDing , YHe , Y Yi , F Li , R Guo , Y Gao , R Li , L Li , M Fu , Q Hu , Y Luo , C Zhang , K Qin , J Yi , S Yu , JYang , H Chen , L Wang , Z Li , B Dong , S Qi , L Ouyang , Y Zhang , Y Cao*, ZX Xiao*. FBXL2 counteracts Grp94 to destabilize EGFR and inhibit EGFR-driven NSCLC growth. Nature Communications. 12, 1-15, 2021
Y Liu#, M Grimm#, W Dai, M Hou, ZX Xiao, Y Cao*. CB-Dock: a web server for cavity detection-guided protein-ligand blind docking. Acta Pharmacologica Sinica.41,138-144, 2020 (ESI高被引论文)
L Li#, S Chen#, Z Miao#, Y Liu, X Liu, ZX Xiao and Y Cao*. AbRSA: a Robust Tool for Antibody Numbering. Protein Science. 28, 1524-1531, 2019
Y Cao*,L Li., Improved protein-ligand binding affinity prediction by using a curvature dependent surface area model, Bioinformatics, 30(12):1674-1680,2014 (ESI高被引论文)
Y Cao#, L Song#, Z Miao, Y Hu, L Tian, T Jiang*., Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation, Bioinformatics, 27(6), 785-790, 2011
